Арутюнян родился в селе Бадара Аскеранского района. Его отец, Анатолий, работал учителем математики и завучем школы, а мать, Светлана, — медсестрой.
В 1981–1991 годах он учился в средней школе того же села. Сразу после окончания школы он присоединился к освободительной борьбе за Арцах.
Одновременно он продолжил обучение на биологическом факультете Государственного университета Арцаха, который окончил в 1995 году.
В 1999 году он поступил в Военную академию Санкт-Петербурга и окончил её с красным дипломом.